Caso de la construcción

Durante los primeros años de mandato, las relaciones entre el Alcalde Peña y el constructor Méndez Pozo fueron malas.

Durante su mandato como Alcalde, realizó acciones que mostraban su enemistad personal hacia otras instituciones.

Las elecciones autonómicas dieron un empate a PSOE y Alianza Popular, con 32 escaños cada partido.

El único procurador de SI, Tomás Cortes, rompió el empate permitiendo entrar en el gobierno a José María Aznar.

También dimitieron, en solidaridad con Peña, los concejales Mariano Hervás Lara y Francisco Martínez Abascal.

Según aseguró el extesorero del PP Luis Bárcenas ante el juez Pablo Ruz, dicho partido pagó de su "caja B" con el equivalente a 188.000 euros al exalcalde de Burgos José María Peña tras haber sido condenado por este caso.

Cuando la justicia se fijó en los manejos de Peña con Méndez Pozo, el propio Aznar fue citado como testigo.

El expresidente del Gobierno declaró por escrito por estar aforado y lo hizo en favor de su aliado político.

[3]​ El constructor que fue condenado junto con Peña continuó siendo durante y tras su excarcelamiento una persona clave en la ciudad.