La casa fue identificada en 1913 por Ignacio Zuloaga y otros artistas que descubrieron una lápida que dice: El museo se abre al público en el año 1985.

En esta casa nació Goya y posteriormente pasó por diversas manos llegando a ser incluso posada del pueblo.

En 1916 la compró Zuloaga, gran admirador del pintor.

En 1982 es declarada Monumento Histórico Artístico Nacional, y se inicia su restauración.

En 1996, coincidiendo con el 250 aniversario del nacimiento del pintor, se inaugura una sala de exposiciones temporales en un recinto anexo a la casa.