En la planta baja se encuentran cuatro salas de exposiciones temporales.
En la primera planta, a la que se accede por una escalera volada desde el vestíbulo, hay una sala de conferencias, aulas y talleres.
La primera planta de la Casa de las Ciencias cuenta con tres aulas destinadas a cursos y talleres, en las que se realizan las actividades didácticas dirigidas, tanto a los alumnos de centros docentes, como a los niños, jóvenes y adultos que participan en los programas organizados fuera del horario escolar.
En la zona más próxima al Puente de Hierro se sitúan la estación meteorológica y siete elementos para experimentar con el sonido: juego del eco, conferencia, piedra musical, xilófono, balancín musical, telescopio de sonido y baldosas saltarinas.
De más antiguas a más modernas, las rocas que se muestran son pizarra, cuarcita, arenisca roja, yeso y anhidrita, ofita, arenisca, caliza del Cretácico Superior, conglomerado, calizas del Paleógeno y arenisca amarilla.