Profesionalmente jugó en el Herediano, donde ganó campeonatos de liga costarricense.

[1]​ La carrera de entrenador para Watson es mucho más notable que la de futbolista, ya que ha dirigido en los tres equipos costarricenses con la mayor cantidad de títulos: el Club Sport Herediano, la Liga Deportiva Alajuelense y el Deportivo Saprissa.

Durante la década de 1990, en su periodo con el equipo saprissista, Carlos se encargó como el gerente general, y descubrió una excelente generación de futbolistas que participaron en la Primera División costarricense.

En las nóminas para esas competencias se destacaron futbolistas como Gilberto Martínez, Winston Parks, José Luis López, Pablo Brenes, Michael Umaña, Carlos Hernández, entre otros, quienes formaron parte de encuentros internacionales.

En 2007, Carlos asumió un puesto en administrativo del Herediano, por lo que se alejó de los banquillos.