Se destacó principalmente por sus estudios de la flora chilena, por promover su conservación y por su dedicación a la docencia universitaria.

Tempranamente asumió la tarea de promover la conservación de los recursos naturales renovables y las bellezas escénicas de Chile y, desde sus cátedras universitarias, estimuló constantemente a las generaciones jóvenes a sumarse a esta tarea.

Numerosas expediciones realizadas a lo largo y ancho de Chile le permitieron familiarizarse con la flora del país y transformarse en un incansable divulgador de sus particularidades.

En 1940 integró la Comisión sobre Protección de la Flora, Fauna y Bellezas Escénicas Naturales, que se reunió en Washington D. C..

Describió ocho especies nuevas para la ciencia botánica en Chile y cinco nombres de plantas recuerdan su nombre: Valeriana munozii Borsini, Gamochaeta munnozii Cabrera, Senecio munnozii Cabrera, Griselinia carlomunozii Dillon & Muñoz-Schick.