Martínez se trasladó a los Jupiter Hammerheads en la Florida State League para la temporada 2005.
Los Marlins, que alinearon un equipo muy joven en 2006, comenzaron la temporada con nueve novatos en su roster del Día Inaugural, entre ellos cinco jugadores sin experiencia en las Grandes Ligas:.
No permitió cuadrangulares, ponchó a 11 bateadores y dio seis boletos.
Después de regresar a la acción, lanzó 3 entradas y dos tercios sin permitir anotaciones en seis partidos.
Hizo su última aparición del año el 22 de junio, cuando permitió un hit, pero no retiró ningún bateador.