Su obra más conocida es el polémico, y en su momento muy censurado por sus declaraciones terroristas, Mini-manual del guerrillero urbano.
Estuvo encarcelado hasta 1945, cuando fue beneficiado con una amnistía debido al proceso de democratización que estaba viviendo el país por ese entonces.
Electo diputado federal constituyente por la delegación bahiana del PCB en 1946, perdió su cargo en 1948 debido al decreto que declaró la ilegalidad de los comunistas brasileños.
Pasó los años de 1953 y 1954 en la por entonces recientemente fundada República Popular China, en la que incluso pudo entrevistarse personalmente con Mao Zedong.
Finalmente resultó muerto a tiros por agentes del DOPS en una acción coordinada por el delegado Sérgio Paranhos Fleury.
Su sucesor en el mando de la ALN fue Joaquim Ferreira Camara, quien también sería abatido al año siguiente.
Los militantes más activos de la ALN en São Paulo eran Yuri Xavier Ferreira y Ana Maria Nacinovic, quienes continuaban realizando peligrosas actividades panfletarias contra la dictadura militar hasta 1972, año en el que encontrarían la muerte mediante una emboscada represiva.
[2] El DOPS preparó una emboscada contra Marighella, para lo cual fueron detenidos previamente algunos de sus amigos más cercanos.
Incluso durante su curso de Ingeniería solía divertir a sus profesores y colegas con sus versos sueltos.