[4]​ La pareja tiene tres hijas: Aliah (2005), Vannia (2008) y Mia (2014), a las que Lobatón les dedica la peculiar forma de celebrar sus goles.

Carlos Lobatón realizó las divisiones inferiores en el Sporting Cristal en donde incluso llegó a ser entrenado por el propio Alberto Gallardo, estuvo en las menores del cuadro rimense entre 1996 y 1999.

[7]​ Lobatón comenzó su ascenso futbolístico jugando por el Unión Huaral en el Apertura 2003 equipo con el que tuvo mayor participación y culminó en séptima ubicación.

Carlos Lobatón firmó por el Cienciano en la segunda mitad del 2003 y llegó a jugar la Copa Sudamericana de ese año.

Carlos Lobatón logró así los tres campeonatos oficiales jugados ese año en Perú: el Apertura (con Cienciano), el Clausura y el título nacional (con Sporting Cristal).

Debido a su gran aporte al club, Loba es desde la temporada 2013 el primer capitán del equipo, ese año Lobatón anotó 6 goles.

En el año 2015 marcó un gol olímpico a Cienciano donde Sporting Cristal ganó 1-0, Lobaton ya lleva 99 goles con la casaquilla celeste desde su llegada el año 2005, tanto en torneos locales como en Copa Libertadores, metiéndose dentro de los 6 máximos goleadores del club rimense, por encima de referentes del club rimense como Roberto Palacios y otros.