En su primer gobierno, el General Eloy Alfaro lo designó Vicepresidente de la República, cargo que ejerció entre los años 1899 y 1903.

Esta celebración fue asistida por innumerables autoridades y destacados personajes como el ingeniero estadounidense Archer Harman, Ana Paredes de Alfaro, América Alfaro Paredes, William C. Fox, Belisario Torres, Amalio Puga, Genaro Larrea Vela (suegro de Freile), su esposa Rosa Elena Larrea de Freile, Alfredo Monge, entre otros.

El Dr. Pío Jaramillo Alvarado, en su Acusación Fiscal, presentada el 6 de marzo de 1919, concluyó: "...Acuso ante la historia la responsabilidad del Gobierno del señor Carlos Freile Zaldumbide, y conjuro ante la faz del mundo al Congreso Nacional que se encargará de formular la acusación definitiva, para que la Corte Suprema diga con su sentencia que la justicia es inexorable para los grandes, como lo ha sido para los pequeños."

El 23 de octubre de 1919, el Senado en sesión ordinaria, bajo la presidencia del Dr. Pacífico Villagómez, analizó a cabalidad la responsabilidad de Freile y sus ministros, quedando sentada la resolución en el acta correspondiente así: “Se recoge la votación relativa al Dr. Carlos Freile Z. y la Cámara resuelve, por 25 votos contra 16, que no ha lugar la acusación, contra dicho ex Encargado del Poder Ejecutivo”.

[2]​ El respecto el historiador Alfredo Pareja Diezcanseco escribió en su obra histórica sobre la vida del expresidente Alfaro, La Hoguera Bárbara: "La justicia ecuatoriana olvidó de lo que debe ser y sólo es para los débiles con repugnante frecuencia".