Posteriormente volvió a Bogotá donde estudió Arquitectura en la Universidad Nacional de Colombia.
Estando allí alternó la academia con el teatro estudio de la universidad junto a Santiago García, Fausto Cabrera, Mónica Silva y Dina Moscovici, actividad actoral que ya practicaba desde su paso por el seminario.
Estando en la Nacional también conoció y se hizo amigo del cura Camilo Torres Restrepo quien para entonces era capellán de la universidad.
Para este último las gestiones estaban siendo llevadas a cabo por el poeta y político nortesantandereano Eduardo Cote Lamus quien era muy amigo de sus padres.
Tras su retiro de Alternativa, Duplat fundó su propia revista, 'Alternativa del pueblo', pero fue un proyecto inviable económicamente.
A pesar de haber nacido en una familia notablemente conservadora, Carlos en 1977 se vinculó secretamente al extinto grupo guerrillero urbano M-19 por una cercanía ideológica que ya venía cultivando desde muchos años atrás.
Carlos es el segundo hijo de Augusto Jorge Duplat Yáñez y Virginia Sanjuán Baptista; sus hermanos son Natalia, Susana, Leonor, Jorge, Rodolfo, Josefina, Gabriela, Ricardo, Eduardo, María José y Guillermo.
Su abuelo, Isidoro Duplat García-Herreros, fue un prominente empresario y dirigente político de Cúcuta.