Los franciscanos fueron los primeros en establecer contacto con aquel trecho del litoral, ya que en la expedición de Pedro Álvares Cabral iban ocho religiosos de aquella orden, al mando del padre Henrique de Coímbra, que siguieron hacia la India.

En 1516, llegaron a Porto Seguro dos misioneros de la Provincia de San Francisco de Portugal, quienes catequizaron a los tupiniquinis y dieron asistencia religiosa a los colonos, soldados y degradados portugueses.

Fueron ellos quienes construirán la primera iglesia del país, dedicada a San Francisco de Assis.

De Porto Seguro partieron, en el siglo XVI, varias entradas al interior del Brasil (sertón), pero no llegaron a crear poblaciones.

Entre las más notables se destacaron: A mediados del siglo XVIII fueron incorporadas a la Corona las capitanías de Ilhéus (1754), de Porto Seguro (1761), la de Itaparica y la del Paraguaçu que, juntamente con la que perteneció a Francisco Pereira Coutinho y fuera incorporada en 1548, para la creación de la sede del Gobierno General, formarían la gran capitanía de la Bahía de Todos los Santos, cuyo territorio correspondía, prácticamente, a los actuales estados de Bahía y Sergipe.