Tuvo sede primero en Vélez-Málaga y después en Málaga y se mantendría vigente hasta finales del siglo XVIII.
Según Antonio Jiménez Estrella, la creación de la Capitanía General de la Costa del Reino de Granada supuso la relegación política de don Íñigo López de Mendoza, marqués de Mondéjar, que ostentaba gran poder político, militar y jurisdiccional como capitán general del Reino.
Sus competencias se limitaban exclusivamente a la franja costera, tendría que residir en Vélez-Málaga con una retribución anual de 2000 ducados.
En el siglo XVII, durante los reinados de Felipe III y Felipe IV, la capitanía ejerció un papel secundario, aunque volvería a ganar protagonismo, pasando a centralizar desde Málaga operaciones como el establecimiento de cordones sanitarios contra epidemias.
La Capitanía General de la Costa entraría en declive en el Antiguo Régimen, experimentando un importante estancamiento con la pérdida del valor económico y estratégico.