Originalmente estaba incluida en le Convento de San Francisco el Viejo.
Al parecer pasó unos días en el monasterio dedicado a la meditación y a las labores de hortelano, en una celda alejada de las demás donde se retiraban los religiosos que querían hacer ejercicios espirituales.
Según la tradición el monje plantó un pino junto a la celda, que quedó santificada por su presencia.
En 1719 la celda fue reedificada por la comunidad, erigiéndola en capilla con la advocación de San Diego de Alcalá.
El árbol que supuestamente plantó el santo, dio nombre al lugar, llamado "el Pino", y su corteza y piñones eran aplicadas por los religiosos contra las calenturas y otros males.