Su historia está marcada por las reformas religiosas protestantes y su mayor exponente en Bohemia, Jan Hus.
El edificio nunca fue oficialmente una iglesia, solo una capilla, a pesar de que podía albergar 3000 personas.
Durante este periodo, la capilla se convirtió en un baluarte para los reformistas, un lugar donde Hus podía predicar sus palabras a un aforo de 3000 personas.
Bajo esta nueva teoría política (llamada Josefismo) en 1786 se ordenó la demolición casi completa de la iglesia jesuita, conservando solamente la sacristía y un cuarto contiguo donde habría vivido Jan Hus.
El trabajo fue realizado por el arquitecto Jaroslav Fragner siguiendo viejos planos e ilustraciones, y se integraron los fragmentos originales del siglo xiv.