En Puerto Rico está operando desde el año 1993 y utiliza exclusivamente los aviones Cessna 402 con capacidad de 12 pasajeros.

Su aeropuerto base en San Juan, (Puerto Rico) es uno de los más importantes en todo el Caribe y es el centro de conexión entre las compañías que se dedican a la carga en todo el mundo, tales como FedEx y DHL.

[9]​ Cape Air utilizó anteriormente el ATR-42 para las operaciones de United Express en Guam.

Sin embargo, cuando United retiró su flota de hélices, la asociación terminó entre las dos aerolíneas.

Aunque Cape Air todavía posee y registra la aeronave, actualmente no se utilizan para ninguna operación.