Entre 2001 y 2002 se planeó lanzar una secuela de Match of the Millennium para Game Boy Advance, pero el proyecto fue cancelado por razones desconocidas.
Como es común en los juegos de lucha (y más aún al ser un crossover), la saga no cuenta con un argumento muy elaborado.
Antes de pelear contra ellos el jugador debe enfrentarse a versiones clonadas de algunos personajes (Haohmaru, Zangief y Leona, entre otros) y luego contra el "clon definitivo" que es Orochi Iori o Evil Ryu según los requisitos o el personaje que se haya elegido.
En Capcom vs SNK 2 los enemigos principales son Rugal o Akuma, los cuales absorben el poder del otro (Orochi y Satsui no Hado respectivamente), aumentando su poder.
Karate en el "templo de los perros guardianes", para luego enfrentarse a un enemigo celestial (princesa Athena) o infernal (Red Arremer).