Cotacachi emepezó como pueblo con los Quitos, que bautizaron al volcán con el nombre de Coto-ashi.

Los Caras le nombraron Cotaczshis a todos las tribus y pueblos que antes se habían establecido en los contornos como los Cumbas, Asamas, Morochos, Punges, Anrabíes, Ashambuelas, Colimbuelas, Quitugos, y Quitumbas.

El Inca Huayna Capac convirtió a Cotacachi en una ciudad importante del norte del Ecuador, Sin embargo, se utiliza la conquista española de la ciudad, y el póstumo asentamiento de los jesuitas en el Ecuador cuando en 1544 Fray Pedro de la Peña fundó la ciudad, como su nacimiento.

Y como máxima autoridad declaró en posesión a Modesto Peñaherrera, Carlos Cevallos, Vidal Saldaña, Rafael Reyes, José Peñaherrera, Julián Andrade González.

Desde entonces Cotacachi comenzó su historia con una nueva etapa política y civil.

Cotacachi tiene diez parroquias: Cotacachi para su manejo más equilibrado se halla dividida en más de 25 barrios que agrupan 2 parroquias urbanas, estas se encargan de mantener el orden, hacer cumplir las leyes del alcalde y de administrar bien los recursos de la ciudad, actualmente Cotacachi está conformada por 2 parroquias, pero en total son 8 parroquias rurales y 2 urbanas que conforman el Cantón de Cotacachi en sí.

Las parroquias urbanas y los barrios en los que se halla dividida Cotacachison los detallados a continuación: Comunidades: El Cercado, El Batán, Tunipamba Bellavista, Yambaburo, Topo Grande, Alobuela, Asaya Santo Tomás, Santa Bárbara, Iltaquí Chiquito, Piava Chupa, Pilchibuela, San Pedro, Piava San Pedro, Comunidades: La Calera, La Victoria Don Bosco, Morales Chupa, Morochos, Suárez Dávila Chicapamba, Eloy Alfaro, San Martín Suelto, San Martín de Cevallos, Topo Chico, Turucu, Cotacachi cuenta con una historia que viene desde la época de los incas, e incluso antes, cuando los quitus y Otavalo dominaban, pasando por la dominación española y posteriormente los vestigios de la lucha por la libertad.

Cotacachi ofrece turismo comunitario, que ha sido fortalecido permitiendo la creación de emprendimientos turísticos distribuidos en cada una de sus parroquias: Apuela, Plaza Gutiérrez, Vacas Galindo, Peñaherrera, Cuellaje, García Moreno, Imantag y Quiroga.

En casi toda la zona subtropical de Intag, al occidente, el cantón posee una riqueza arqueológica diseminada.

Son vestigios de los Caras, cuando después de llegar a nuestras playas, se asentaron temporalmente en el trópico, luego ascendieron al subtrópico, para finalmente enamorados del -paisaje andino- se quedaron definitivamente en el altiplano, junto a las montañas y los nevados.

En la hacienda Peribuela, en las cercanías de Imantag se encuentran 30 montículos o tolas y dos pirámides truncadas con rampa.