En caso de haberse producido igualdad entre dos contendientes, habrían definido el título en un partido extra.

Si un mismo equipo hubiera ganado ambos torneos, se consagraría campeón absoluto en forma automática, resultando subcampeón absoluto el ganador de un encuentro de ida y vuelta disputado por los subcampeones del torneo Apertura y Clausura.

[1]​ El campeonato contó con la participación de once equipos, en su gran mayoría pertenecientes al departamento Central y la Capital.

Finalmente, dos se localizan en importantes capitales departamentales, casualmente limítrofes con Brasil: Ciudad del Este y Pedro Juan Caballero.

Este fue el primer certamen del año el cual otorgó a su ganador un cupo directo para la Copa Libertadores 2007.

Este fue el segundo certamen del año el cual otorgó a su ganador un cupo directo para la Copa Libertadores 2007.

Se realizó una liguilla entre los cuatro equipos mejor ubicados en la tabla acumulativa, exceptuando a Libertad, que ya había clasificado en condición de Campeón Absoluto.