El Campeonato Nacional está organizado en una sola división en la que participan los cuatro mejores equipos del país en diversas categorías.

De esta forma, el Campeonato Nacional se disputa en las categorías Absoluta u Open (Libre), Junior (Sub-20), Juvenil (sub-18) e Infantil (Sub-15).

Desde la temporada 2000 el Campeonato Nacional se disputa de forma regular todos los años.

En la temporada 2009 se introdujo el sistema de competición de dos torneos (Apertura y Clausura) y un juego final (play off) entre los ganadores de los Torneos Apertura y Clausura.

Cuadro histórico con los campeones y vicecampeones del Campeonato Nacional peruano de waterpolo masculino categoría Absoluta: