El Campeonato Nacional de Clubes Femenino 2016 fue la primera edición de la División Aficionada del Fútbol Colombiano.

[1]​ Se dividieron según su posición geográfica los xx clubes en seis grupos para disputar enfrentamientos todos contra todos de ida y vuelta, al finalizar esta fase clasificarán a las semifinales de la siguiente manera:[2]​

Los ganadores de cada grupo en la fase anterior pasaron a las semifinales divida en dos grupos de 4 equipos cada uno.

El mejor segundo de la fase clasificó a las semifinales.

Clasificaron en dos llaves de eliminación directa con partidos de ida y vuelta.