Alianza Lima se coronó campeón nacional, mientras que Sporting Cristal fue subcampeón.

Estos encuentros fueron anulados y se decidió, una vez solucionados los problemas, declarar campeón al equipo que iba puntero hasta el momento de la suspensión.

En enero de 2004 Alianza Lima y Sporting Cristal, campeón del Torneo Apertura, jugaron un partido extra para definir el título, Alianza Lima ganó el partido y se coronó campeón nacional de ese año.

La fase clasificatoria a la Copa Sudamericana 2003 se definió entre los cuatro primeros del Apertura, en la que se enfrentarían el primero contra el cuarto y el segundo contra el tercero.

Finalmente mediante una resolución se decidió proclamar ganador a Alianza Lima que iba primero tanto en el Torneo Clausura como en la tabla acumulada en el momento de la suspensión del campeonato.