El Campeón de Campeones 1949-50 fue la IX edición del Campeón de Campeones que enfrentó al campeón de la Liga 1949-50: Veracruz y al campeón de la Copa México 1949-50: Atlas.
El título se jugó a partido único realizado en el Estadio de la Ciudad de los Deportes de la Ciudad de México.
Al final de éste, el Atlas consiguió adjudicarse por segunda vez en su historia este trofeo.