El Campeón de Campeones 1945-46 fue la V edición del Campeón de Campeones que enfrentó al campeón de la Liga 1945-46: Veracruz y al campeón de la Copa México 1945-46: Atlas.
El título se jugó a partido único realizado en el Parque Asturias de la Ciudad de México.
Al final de éste, el Atlas consiguió adjudicarse por primera vez en su historia este trofeo.