Según testimonios de expresos políticos y sobrevivientes al Informe Valech, los prisioneros que provenían desde la Cárcel Pública de San Antonio eran transportados en camiones frigoríficos de empresas pesqueras, siempre atados de manos, con los ojos vendados o encapuchados y se les encerraba en una celda húmeda a la espera de los interrogatorios que se realizaban en distintas habitaciones de la escuela, segundo piso o en el subterráneo del casino de oficiales.
Una vez inmovilizados eran golpeados violentamente y se les aplicaban diversos y sistemáticos métodos de tortura como shocks eléctricos, quemaduras, extracción de uñas, violaciones, colgamientos o simulacros de ahogamiento.
Luego de las sesiones, personal médico y enfermeras asistían a las víctimas con el fin de evitar la muerte prematura y permitir nuevas sesiones de castigo.
En estos últimos casos, las muertes fueron encubiertas con falsos procesos legales o certificados de defunción que no identificaban la causa del deceso.
Incluso, hubo casos en que los militares devolvieron los cuerpos de las víctimas a sus familias en urnas selladas transportadas en camiones frigoríficos pertenecientes a una empresa pesquera.