Durante su campaña, López Obrador criticó fuertemente al CISEN por su arraigada práctica de investigar a los disidentes políticos de la administración en turno y, en general, a los individuos que se consideraban un riesgo para estas.
[5] Sin embargo, la transformación del CISEN en el CNI se ha tratado predominantemente de un cambio de imagen, manteniendo el CNI las facultades, estructura y personal del Cisen.
[8] El Centro Nacional de Inteligencia se creó el 30 de noviembre de 2018, en sustitución del Centro de Investigación y Seguridad Nacional, al entrar en vigor las reformas a la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal; que desapareció a su antecesor a propuesta del presidente Andrés Manuel López Obrador, asumió las funciones del mismo, pero ahora bajo la supervisión de la Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana, y conservando las funciones que se establecen en la Ley de Seguridad Nacional.
[12] De 1989 a 2018, el Cisen fue dirigido por doce directores.
Audomaro Martínez Zapata, es el primer director del organismos bajo su denominación Centro Nacional de Inteligencia (CNI).