Sin embargo la historia del conjunto sureño se remonta a la década de los cincuenta, época en la que en San Isidro existían dos clubs, el Raqui y el San Isidro, que competía en una explanada de tierra a la entrada del pueblo.
[4][5] Pero nuevamente no pudo de mantener la categoría, quedando colista, y además descendió a Preferente por impagos.
[6] Tras este duro golpe, en 2008/09 quedó segundo en la Regional Preferente pero perdió la promoción de ascenso frente a la UD Teror Balompié.
[9][10][11] Conquistó la Copa Heliodoro Rodríguez López consecutivamente en las temporadas 1998/99 y 1999/00, al vencer en ambas ocasiones a la Unión Deportiva Orotava.
[14][15][16] El Raqui San Isidro juega sus partidos como local en el estadio de La Palmera que cuenta con una capacidad para unos 2700 espectadores.