Se encuentra en el pago de Navabuena, dentro del término municipal de Valladolid.
No obstante, al ser Villanubla la población más cercana a la prisión, suele tomar el nombre de esta localidad.
Se abrió en 1985 para sustituir a la "Cárcel nueva" (que estuvo operando entre 1935 y 1985 y hoy es el Centro Cívico "Esgueva") que a su vez sustituía a la Cárcel vieja.
Entre 1992 y 2009 contó con un módulo especial para presos peligrosos.
En la actualidad cuenta 321 celdas y otras 42 complementarias.