De origen celtíbero, hacia el siglo I existe ya como villa romana, época en la se construye un torreón de alerta y defensa a orillas del río Huecha sobre el que, posteriormente, se edificará el palacio condal.
Sobre la población ibero-romana se impuso la visigoda alrededor del siglo V.
La conquista árabe se patentiza hacia el segundo decenio del siglo VIII.
Bureta se convierte en un pueblo de población íntegramente musulmana y así permanecerá hasta su expulsión en 1610.
Cuando en 1610 se decreta la expulsión forzosa de los moriscos, la localidad cuenta con 1200 habitantes, quedando totalmente despoblada.
En 1837 queda abolido el señorío, aunque el título de Conde se mantiene hasta la actualidad.
Las hortalizas, salvo el tomate, el pimiento y el espárrago, suelen ser para consumo interior.
Cuando los cristianos reconquistan el Valle del Huecha introducen su sistema de administración civil.
Cuando en 1833 se crean en España los partidos judiciales, Bureta será adscrita hasta 1965 al partido judicial de Borja, llegando a ser cabeza de su propio concejo.
Fue edificado sobre un torreón romano mencionado en las crónicas medievales y que sería aprovechado posteriormente para una nueva torre musulmana.
El papa Gregorio XVI otorgó en 1840 privilegio de misa propia y exclusiva para el pueblo en dicha fecha.