Cinco años más tarde, en 1833, se convierte en Superior de la Casa Central, lugar en el que se forman los nuevos sacerdotes, y tenían lugar numerosas tandas de ejercicios espirituales para seglares, sacerdotes y ordenandos.
En este entorno adverso, la figura del Obispo Codina se muestra firme y serena, exponiendo incluso su propia vida.
Reforma el Seminario Diocesana, nombrando rector al entonces cura ecónomo de Artenara, D. Pedro González.
Para hacer frente a esta nueva plaga, D. Buenaventura nombra una Junta de la que, aunque ya era el máximo sostén del hospital; se constituye como primer benefactor.
Al parecer, según su cronista, el Padre Etienne, Superior de su Congregación, le notificó la expulsión de la misma alegando como motivo el no haberle notificado su nombramiento como Obispo, y haberse consagrado sin su autorización.
Su espíritu queda patente en las palabras que dirigiera en 1851 al Ministro Bravo Murillo: Desde mi instalación en este Obispado no he perdonado trabajo alguno para introducir reformas saludables en la moral pública y privada.