La historia sigue a Onodera Punpun, un niño normal que debe hacer frente a sus amigos y familia disfuncional, su interés amoroso, su adolescencia en sentido contrario y su mente hiperactiva.
A medida que la vida de Punpun se vuelve cada vez más caótica, comienza a tratar temas relacionados al pensamiento autodestructivo del protagonista y su condición existencial.
La historia a menudo es elogiada por los muchos puntos de vista filosóficos presentados por cada personaje.
Cuando se siente confundido acerca de la vida o deprimido, él consulta a "Dios" por medio de un canto que su tío le enseñó: "Dear God, dear God, tinkle- tinkle hoy!"
Su madre es miembro de una secta que toma importancia conforme avanza el manga.
Ya en su adultez, se vuelve una persona sin ambiciones y trabaja como modelo.
Después del divorcio se muda a Fukushima trabajando en una instalación nuclear.
Una mujer libertina que se arrepiente del matrimonio con su esposo, causando el divorcio de éstos.
Yūichi se encarga de Punpun mientras su madre está en el hospital.
Toma decisiones despreocupadas en su juventud, convirtiéndose en un joven que tiene muchos trabajos para disimular su crisis existencial.
El manga también ha sido publicado en Estados Unidos por Viz Media, en Francia por Kana,[6] en Italia por Panini Comics,[7] en Alemania por Tokyopop,[8] en Taiwán por Taiwan Tohan.