Howlin disputó una vez más un escaño en Wexford y fue elegido miembro del Dáil Éireann.

A pesar de su reciente ingreso al Dáil, Howlin fue nombrado jefe whip del Partido Laborista, cargo que ocupó hasta 1993.

Howlin se unió al gabinete del Taoiseach Albert Reynolds como Ministro de Salud.

Sin embargo, no se convocó a elecciones generales y, si bien se esperaba que la coalición pudiera revivir bajo el nuevo líder del Fianna Fáil, Bertie Ahern, la aritmética del Dáil ahora permitió al Partido Laborista abrir discusiones con otros partidos de la oposición.

Después de las negociaciones, llegó al poder una Coalición Arco Iris en la que participaban Fine Gael, el Partido Laborista y la Izquierda Democrática.

Howlin dijo que Irlanda se enfrenta a una crisis económica profunda y compleja "en la que estamos librando una batalla en tres frentes: desempleo masivo, un gran fracaso bancario y una crisis fiscal".

[23]​ En una entrevista con The Star durante la contienda por el liderazgo del Partido Laborista de 2002, en respuesta a repetidas especulaciones, anunció que "no era gay".