Entre las dos cadenas montañosas se encuentra el valle de Ferganá.

[1]​ Las elevaciones más altas en Pamir-Alai se encuentran en la ecorregión del desierto y tundra alpina del Pamir, y están fuertemente cubiertas de glaciares.

Al oeste, y en elevaciones más bajas, se encuentra la ecorregión de las estepas de Alai y Tian Shan occidental.

Por debajo de los 1800-2000 metros, las estribaciones del desierto se caracterizan por la presencia de especies herbáceas como la artemisa, la hierba azul bulbosa (Poa bulbosa) y los juncos (Carex pachystilis).

[1]​ Algunas de las áreas protegidas más importantes que se encuentran en la ecorregión incluyen: