Moritz Balthasar Borkhausen (3 de diciembre de 1760, Gießen - 30 de noviembre de 1806, Darmstadt) fue un naturalista alemán.
Borkhausen estudió Derecho y Administración en la Universidad de Giessen, permaneciendo por décadas con intensa actividad científica.
En 1793 fue asistente de juzgado de la Diputación Económica Regional de Darmstadt, y trató con la Historia natural de Hessen.
En 1796 se volvió Alto comisionado Forestal de la Superintendencia de Giessen y siguió ascendiendo en tales estructuras administraciones forestales.
La abreviatura Borkhausen se emplea para indicar a Moritz Balthasar Borkhausen como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.