Pese a esperarse un dominio del valenciano para la temporada siguiente de Fórmula 3, repitió tercer puesto final con dos victorias y siete podios, y ya en 2004 cambiando a la estructura de Racing Engineering lograría vencer el campeonato tras dominarlo con 9 victorias.

Como premio por ello, Borja pudo subirse por primera vez a un Fórmula 1 realizando un test con Toyota Racing en el circuito Paul Ricard.

En 2006 cambió a la World Series by Renault integrado en el equipo RC Motorsport,[3]​ finalizando la temporada subcampeón a tan sólo 5 puntos del vencedor Alx Danielsson y por delante del expiloto de F1 Pastor Maldonado.

Para 2009 decidió abandonar Europa y embarcarse en la Formula Atlantic estadounidense enrolado en el equipo Condor, consiguiendo tres destacables podios durante la temporada.

En 2014, Borja corre en la misma categoría toda la temporada quedando quinto clasificado en el campeonato élite 1 con 1 victoria, 2 segundos puestos y 7 veces terminando entre los 5 primeros.

Logra proclamarse campeón de la temporada tras ofrecer en casi todas las carreras y sesiones un gran ritmo que ni con el BOP reglamentario pudieron alcanzar los otros pilotos.