Bongani Khumalo nació en Suazilandia, aunque cuando solo tenía dos años su familia emigró a Sudáfrica; es por esto que tiene doble nacionalidad.
Empezó jugando al fútbol en las categorías inferiores del Arcadia Shepherds, en la posición de defensa central.
En 2007 firma un contrato con el Supersport United, con el que debuta en la Premier Soccer League.
En la siguiente (2008-09) el equipo repite trofeo y Bongani Khumalo es elegido Mejor jugador joven de la temporada.
Fue convocado para la Copa FIFA Confederaciones 2009, aunque el entrenador no le dio la oportunidad de debutar en ese torneo.