Cuenta con estación de tren en la línea que une Leiden y Utrecht y está comunicado por la autopista A12.

Bodegraven se sitúa en lo que en tiempos del Imperio romano fue el Limes Germanicus, a orillas del Oude Rin, y es posible que ya entonces hubiese un pequeño asentamiento, aunque son muy escasos los restos localizados.

[1]​ Su historia posterior, hasta el siglo XVII, es poco conocida.

Situada en un área pantanosa, los asentamientos romanos desaparecieron y hasta el siglo XI no sería nuevamente poblada.

A raíz de tales sucesos Abraham de Wicquefort redactó su Advis fidelle aux veritables Hollandois: touchant ce qui s'est passé dans le Villages de Bodegrave & Zwammerdam, ilustrado con grabados de Romeyn de Hooghe, advirtiendo a los holandeses de las atrocidades cometidas por el ejército invasor de Luis XIV, a quien presentaban como un rey belicoso y ambicioso que es preciso neutralizar para que pueda haber paz.