En la era profesional, el Boca Juniors apareció en el certamen del año 1949 (II torneo oficial en Colombia).

[6]​[1]​ Al año siguiente ocuparía el 7.º puesto del tablero, igualado a 33 puntos, luego de 30 partidos, con Independiente Santa Fe.

Angel ‘El Pibe’ Berni, a nombre del Boca, fue el artillero más efectivo, con 23 goles en total.

[8]​ Esa gran campaña la refrendó el Boca Juniors en el año 1952,[9]​ nuevamente subcampeón de Colombia con 40 puntos en 28 partidos.

Boca doblegó a los ‘Verdolagas’ por anotación de 4-3 siendo esta la única derrota del equipo paisa en aquel torneo.

Por falta de hinchada, patrocinadores y títulos el club decidió no seguir participando en la Primera categoría del fútbol profesional colombiano.