A los 23 años, se convirtió en uno de los entrenadores más jóvenes en dirigir en el fútbol inglés al ser nombrado jugador-entrenador del Hastings United.

Durante este período, fue discípulo del reconocido entrenador Allen Wade, quien fue director técnico de la Football Association entre 1963 y 1983.

[2]​ En 1974, Houghton se convirtió en el entrenador del Malmö FF de Suecia, donde logró un notable éxito tanto a nivel nacional como internacional.

[3]​ Houghton, junto con su amigo Roy Hodgson, transformó el fútbol en Suecia al introducir el marcaje zonal y un estilo de juego más moderno.

También tuvo una breve experiencia en Suiza con el FC Zürich y se convirtió en el primer entrenador del Colorado Rapids en la Major League Soccer en 1996, aunque fue despedido después de una temporada.