Desempeñó un trabajo como oficial médico en la Armada Holandesa de las Indias Orientales entre 1842 y 1860, destinado en Indonesia durante la etapa de este país como colonia de los Países Bajos.
Durante este tiempo hizo la mayor parte de su trabajo como ictiólogo por el que es reconocido como científico.
También trabajó en herpetología, describiendo muchas nuevas especies de reptiles.
Bleeker publicó más de 500 trabajos sobre ictiología, describiendo en ellos 511 nuevos géneros y 1925 nuevas especies.
La abreviatura Bleeker se emplea para indicar a Pieter Bleeker como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.