Berthold Stein (Stuttgart, 7 de abril de 1847-Heidelberg, 4 de febrero de 1899) fue un botánico y micólogo alemán.
Trabajó extensamente en la taxonomía de los géneros Leptotes, Masdevallia, Pescatoria, Rossioglossum, Paphiopedilum, de la familia de Orchidaceae.