Tras cursar estudios de medicina y humanidades se despertó en él un apasionado interés por la geografía que dio su primer fruto en el tratado Descriptio regni Japoniae (1649; Descripción del reino del Japón), basado en las crónicas de viajeros árabes y holandeses.

Bernardo Varenio, cuya prematura muerte le impidió redactar la geografía especial que debía completar sus investigaciones, falleció en 1653 en Leiden, Países Bajos a los 32 años, la causa de muerte fue un percance cerebrovascular Estos pequeños manuales son anticipo del gran libro de Varenius, que se publica en 1650, también por la Editorial Elzewir: Geografía general o, como realmente se llama, Geographia Generalis in qua affectiones generales telluris explicantur.

Pero lo que le da su máximo interés es el estudio sistematizado y analítico de la Geografía general física; a tanta altura llegó, que se ha calificado también a Varenius como fundador de la Geografía física.

Los hechos que afectan a la geografía de un país, o Geografía especial, los agrupa Varenius en tres clases: affectiones celestes, o hechos geográficos determinados por el movimiento aparente del Sol e insolación (climatología); affectiones terrestres, o hechos que perfilan la geografía física, real y tangible, de un país; y affectiones humanae, que afectan a la población, considerada en su doble aspecto, y a las circunstancias derivadas de la actividad humana.

Así se impuso la división de la Geografía general en astronómica o matemática, física y, humana.