Completó sus estudios en la Escuela Bíblica de Jerusalén en 1930, y después realizó trabajo pastoral en Utrecht hasta 1933.

Recibió su consagración episcopal el 17 de julio de ese mismo año por el arzobispo Paolo Giobbe, internuncio en los Países Bajos.

Contribuyó a las publicaciones científicas, y además fue líder del movimiento Pax Christi en los Países Bajos.

De 1962 a 1965, el primado holandés participó en el Concilio Vaticano II, y se sentó en su Consejo de Presidencia.

Durante una sesión del Consejo, Alfrink tuvo que apagar el micrófono del cardenal Alfredo Ottaviani, después de que éste excediese su límite de tiempo para hablar.