Debutó como actor de cine en 1940, en la película Med livet som insats, dirigida por Alf Sjöberg.

Aunque desarrolló una larga carrera como actor en producciones de su país, su papel más importante lo consiguió de la mano de Ingmar Bergman en 1957, al interpretar a la Muerte en su película El séptimo sello, en la que aparecía como un hombre demacrado y cubierto con un manto negro, un arquetipo que ha influido en la representación de la muerte en un sinnúmero de obras en el cine y otros medios desde entonces.

Un año después volvería a trabajar con Bergman, así como con Max von Sydow, en la película El rostro.

No menos importante fue la carrera de Ekerot en el teatro, siendo uno de los actores y directores escénicos más importantes del teatro sueco durante´el siglo XX.

Se casó en segundas nupcias con la soprano sueca Margareta Hallin en 1959.