Belén en el viejo Estadio Nacional con una derrota 1-4 ante el Deportivo Saprissa.

[1]​ En la temporada 1995-96 pasa a llamarse Belén-Pedregal y lo dirige Alexander Guimaraes con quien finaliza en quinto lugar,[1]​ siendo ésta su mejor temporada en la primera categoría.

Belén participa por primera vez en un torneo internacional, en la Recopa de la CONCACAF 1997 dirigidos por el entrenador "Quique" Vasquez, eliminando en la primera ronda al Diriangen FC de Nicaragua (2–1 y 3–2),[2]​ pero es eliminado en la segunda ronda por el CD Olimpia de Honduras (3–0).

[3]​ En la temporada 2010–11 dirigidos por Vinicio Alvarado con el nombre Belén siglo XXI es campeón de la segunda categoría venciendo nuevamente al Cartagena por marcador de 3–0 y regresa a la primera categoría.

Daniel Casas Milton Morales William "Papo" Brenes