Sin embargo, dado que el conflicto también incluyó un sitio en Prilep, es justificadamente llamada batalla de Pelagonia.

El gobernante epirota había perdido gran parte de su territorio, pero pronto sus aliados latinos acudieron en su ayuda.

Manfredo, preocupado por sus conflictos contra los güelfos en el centro de Italia, no viajó en persona, aunque su presencia la mencionan erróneamente fuentes cuasicontemporáneas como Nicéforo Grégoras y Matteo Spinelli, sino que envió cuatrocientos caballeros alemanes excelentemente equipados, que probablemente desembarcaron en Avlona para unirse a las fuerzas epirotas de Miguel.

El tamaño total del ejército niceno no es registrado en las fuentes, excepto por una referencia en la Crónica griega que este comprendía veintisiete regimientos (allagia), pero según el historiador John Deno Geanakoplos, «uno obtiene una clara impresión de las fuentes [...] de que las fuerzas aliadas superaban en tamaño a las nicenas».

Todas las fuentes coinciden, sin embargo, que los nicenos utilizaron una estratagema para engañar y dividir a los aliados.

Acropolita informa que Juan distribuyó a sus hombres, dejando a los soldados fuertemente armados para ocupar sólidas posiciones defensivas en las colinas, mientras que sus soldados ligeros cumanos, turcos y griegos hostigarían al ejército aliado con tácticas de atacar y huir, hiriendo a los caballos de los aliados cuando estos estaban siendo abrevados y saqueando sus líneas de suministros.

Grégoras, sin embargo, informa que la partida de Miguel II fue precipitada por Juan Paleólogo, quien envió un falso desertor al campamento epirota alegando que los francos habían acordado en secreto con Paleólogo traicionarlos a cambio de dinero.

La Crónica de Morea ofrece otro relato variante, pero confunde a los principales personajes, afirmando que «Teodoro Ducas» (es decir Juan I Ducas) era el comandante de las fuerzas nicenas, y colocando a Nicéforo al frente del ejército epirota.

Según Geanakoplos, aunque difieren en los detalles, los diversos relatos pueden conciliarse para formar una imagen más completa de la batalla.

Estos miedos habían sido confirmados por el conflicto entre su hijo Juan Ducas y Guillermo de Villehardouin en los días previos a la batalla.