Posteriormente estudió teología en el Seminario Pontificio de Pune (1983-1986).
En 2001 fue nombrado por el papa Juan Pablo II visitador apostólico y obispo auxiliar de Trivandrum para los siro-malankaras que residen en América del Norte y Europa.
Moran Mor Baselios Cleemis visitó al papa Benedicto XVI el 28 de mayo de 2007 en la Ciudad del Vaticano, y recibió la comunión eclesiástica.
La Congregación para las Iglesias Orientales en Roma le ofreció una recepción en su primera visita a la Santa Sede.
[4] El 19 de mayo de 2020 fue confirmado como miembro del Pontificio Consejo para el Diálogo Interreligioso in aliud quinquennium.