[1]​ Dicha construcción tenía una capilla y un convento anexo donde habitaron los monjes recoletos de San Agustín hasta 1685, cuando fueron reemplazados por el Gabinete de Madrid, por padres Candelarios.

El creciente número de feligreses y los daños ocurridos en la construcción original a causa del terremoto de 1917,[2]​ obligaron a construir una nueva iglesia en la cumbre del cerro, la cual fue diseñada por el arquitecto Arturo Jaramillo Concha con un estilo arquitectónico Neogótico.

La nueva iglesia se construyó gracias a la ayuda de los peregrinos, quienes subían al cerro a visitar al Señor Caído de Monserrate cargando por lo menos un ladrillo[3]​ y fue terminada en 1925.

[4]​ Para la celebración del cuarto centenario de la ciudad en 1938, la iglesia comenzó a ser iluminada indirectamente durante la noche.

La figura original desapareció en 1950 y en 1996 fue repuesta por una donación del Monasterio de Montserrat.