La primera referencia exacta que conocemos sobre el monasterio data de 1348, y ya en aquel entonces existía un primitivo edificio.

Lejos de las últimas investigaciones, la tradición ha afirmado que fue el santo mártir mercedario San Pedro Pascual quien fundara el monasterio.

[4]​ Fue Fernando Álvarez, arquitecto portugués, el encargado de dirigir las obras, que se prolongaron tras su muerte hasta 1614.

[9]​ En 1810, con la llegada de las tropas napoleónicas a la ciudad, la orden huyó del inmueble conventual, el cual fue usado para acuartelamiento militar.

Tras el pronunciamiento de Riego, se vuelve a cerrar el convento, afectando al culto en la iglesia.

Adquirió rápidamente popularidad en los inicios del siglo XV, ya que consta su asistencia en 1410 a actos religiosos en la ciudad.

La iglesia cuenta con una réplica de la Sábana Santa[19]​ que llegó en 1572,[20]​ así como otras 10 reliquias más.