[2]​ Pasó su infancia en Hamburgo y luego en San Petersburgo, donde su padre Martin de Lesseps (1730-1807) fue el cónsul general francés.

A los 12 años, además de su lengua nativa, hablaba con fluidez ruso, alemán y español.

Fue nombrado vicecónsul de Francia en Kronstadt y una vez tuvo que intervenir con la tripulación del barco francés Uranie de Dunkerque, que había desertado en gran parte.

La Pérouse pidió al ministro de Marina y Colonias, Charles Eugène Gabriel de La Croix, marqués de Castries, que añadiera a Lesseps a la expedición como intérprete ruso, ya que la ruta prevista los llevaba al territorio ruso en el noroeste del Océano Pacífico.

En lugar de regresar directamente a San Petersburgo, Lesseps tomaría la ruta mucho más larga con La Pérouse hacia el noroeste del Pacífico y luego viajaría por tierra.

El 5 de julio navegó por el río Lena hasta Lensk y luego Kírensk ; en ese momento, ambas ciudades consistían en poco más que unas pocas cabañas de madera.

Luego, De Lesseps usó un coche para viajar a través de Krasnoyarsk, Achinsk, Tomsk, Tobolsk, Tyumen, Ekaterimburgo y Kungur en los Montes Urales hasta Kazán, donde resultó herido en un accidente.

Fue encarcelado con su esposa e hijos en la Fortaleza Yedikule en Constantinopla durante tres años.

Fue a reunirse con Talleyrand en Varsovia y desde allí partió hacia Dresde, donde conoció al emperador.