Ubicada en la antigua comarca del Rosellón, se extiende desde la sierra de la Albera hasta el mar.

La primera mención de la villa data del 981, con dos denominaciones: Balneum y Baldeola.

En 1793, las tropas españolas del general Ricardos invadieron el Rosellón, apoyadas, a menudo, por los propios habitantes.

Poco a poco la viticultura ha ido ganándole el terreno a la pesca y hoy día, junto con el turismo, el vino dulce natural y sus bodegas constituyen la actividad principal de Banyuls.

A finales del siglo XIX, concretamente en 1882, el zoólogo Henri de Lacaza-Duthiers fundó el laboratorio Arago, cuyas actividades, comprenden, en la actualidad, tanto el ecologismo marítimo como el terrestre.